Основными документами в системе здравоохранения есть Концепция, Положение и годовой план работы лицея. Общая работа в этом направлении возложена на одного из заместителей директора. Будучи ответственным руководителем, он принимает участие в недельном планировании, координирует работу по здравоохранению с работой в других направлениях.

Базовой для реализации цели и задач по здравоохранению в лицее является кафедра здоровья. Она имеет несколько отделений: медико-гигиенических исследований, питания, физиотерапии и рефлексотерапии, кинезотерапии, психологии, манипуляционной, фармацевтической, фито- и минерало-терапии, информации, учебной, социальной поддержки.

Организация работы отделений фито-, физио-, минерало-терапевтического, фармацевтического, манипуляционного, психо-эмоциональной коррекции, возложена на главного врача кафедры здоровья.

Организация работы манипуляционного отделения служит для предоставления экстренной помощи: иммунной коррекции и ревакцинации и возлагается на врача-терапевта и медицинскую сестру. Руководство отделением питания осуществляет заведующий столовой.

Отделение медико-гигиенических исследований возглавляет научный руководитель, отделение кинезо-терапии — учителя физической культуры и здоровье, информации — заместитель директора, который контролирует работу по здравоохранению и социальной поддержке в лицее.

Все руководители отделений являются непосредственными подчиненными вышеназванного заместителя, а последний, в свою очередь — директору лицея.

Работу отделений кафедры здоровья выполняют: учителя уроков здоровья, ЛФК, ДПЮ, «Философия здоровья», врачи, медицинские сестры (общая и физиотерапевтическая), лаборанты, массажисты, уборщики рабочих помещений.