Документация кафедры здоровья разрабатывается с учетом целей и задач медико-педагогической системы. При зачислении в лицей лицеиста или работника специалисты кафедры определяют индивидуальный индекс их здоровья, для чего заводится паспорт здоровья и индивидуальная программа здорового образа жизни.

Работники отделений кафедры ведут типичную документацию, в которой учитывают специфику работы отделений и индивидуальную программу физического развития, усовершенствования, закаливания.